Um dennoch Server einer anderen Betriebssystem-Generation zentral von einer Konsole aus managen zu können, bleibt dem Administrator der Weg über den Verwaltungsmodus der Terminaldienste - bei Windows Server 2003 "Remotedesktop für Verwaltung" getauft. Nach dessen Aktivierung sind zwei Administratoren gleichzeitig dazu in der Lage, sich über Intranet oder Internet den virtuellen Windows-Desktop als Verwaltungsoberfläche auf ihren Computer zu holen und den betreffenden Server fernzuverwalten.
Praktisch für international operierende Firmen: Kommt auf dem System anstatt der lokalisierten Ausführung von Windows Server 2003 die englische Fassung mitsamt Language-Packs des "Multilingual User Interface" (MUI) zum Einsatz, präsentieren sich dem Administrator virtueller Windows-Desktop, Startmenü, Hilfedateien etc. in der von ihm bevorzugten Sprache.
Mit der "Remotedesktopverbindung" stellt Microsoft eine RDP-Client-Software (RDP = Remote Desktop Protocol) für PCs ab Windows 95 aufwärts sowie für Apple-Computer mit Mac OS X bereit - in Pocket-PCs, die unter Windows Mobile 2003 laufen, ist diese schon von Haus aus integriert. In Verbindung etwa mit dem Pocket-PC-Phone "MDA II" von T-Mobile beziehungsweise dem Pendant "XDA II" von O2 sind IT-Manager in der Lage, ihre Systeme via Personal Digital Assistant (PDA) zu administrieren.
Alternativ dazu kennt das neue Server-Betriebssystem die "Remotedesktop-Webverbindung", um Windows Server 2003 und Windows 2000 Server über einen Active-X-Web-Client und somit aus einem Internet-Explorer-Fenster heraus fernzubedienen. Computer, auf denen ein nicht von Microsoft stammendes Betriebssystem läuft, können ebenfalls Remote-Desktop-Verbindungen aufnehmen: Der Open-Source-Community entstammt beispielsweise der "rdesktop"-Client für Linux, obgleich dieser noch nicht alle Remotedesktop-Features von Windows Server 2003 sauber unterstützt.
Zur Fernadministration per Internet Explorer lässt sich der Windows-Server-2003-Desktop aus dem Web-Browser heraus remote bedienen.