Um den Zusammenschluss der beiden Forschungseinrichtungen doch noch unter Dach und Fach zu bringen, wurden mit Thomas Sommerlatte von Arthur D. Little und Arnold Picot, Universität München, zwei Vermittler zu Hilfe gerufen, die sich vor allem mit dem vermeintlichen Knackpunkt des Vorhabens, dem künftigen Finanzierungsmodell, auseinandersetzten. Von den rund 90 Millionen Euro, die der GMD bisher jährlich zur Verfügung stehen, stammen mehr als zwei Drittel aus dem Staatssäckel, für Bildungsministerin Edelgard Bulmahn war dies zu viel des Guten. Demgegenüber finanziert sich die Fraunhofer-Gesellschaft zum Großteil über Drittmittel, das heißt, Forschungen werden im Auftrag von Geldgebern betrieben, die meist aus der Wirtschaft kommen.

Die auf Grundlagenforschung spezialisierte - also weniger unter lukrativem Aspekt geleitete - GMD zeigte sich zwar bereit, unter das Dach der Fraunhofer-Gesellschaft zu schlüpfen, wollte jedoch nicht das Modell der wettbewerbsorientierten Forschung übernehmen. Nachdem Stimmen laut geworden waren, die eben dies verlangt hatten, herrschte daher zunächst Schweigen in den Fusionsgesprächen.

Das von Sommerlatte und Picot vorgelegte Kompromisspapier sieht vor, dass die neue Organisation - mit über 2500 Mitarbeitern der größte Forschungsbetrieb in der europäischen IuK-Landschaft - zwar 60 Prozent ihres Etats per Drittmittel eintreiben muss, doch in dieser Quote sollen nicht nur private, sondern auch öffentliche Gelder berücksichtigt werden. Außerdem wird der Satz für das gesamte Institut veranschlagt, so dass nicht zwingend beide Partner den Betrag einwerben müssten.