Unter dem Strich musste Bildungsministerin Bulmahn im abgelaufenen Jahr heftige Rückschläge hinnehmen. So kippte im Sommer 2004 das Bundesverfassungsgericht die bereits 2002 von der Bundesregierung beschlossene Junior-Professur. Mit befristeten Anstellungsverträgen sollten begabte jüngere Wissenschaftler im Land gehalten werden. Die Richter bemängelten vor allem die Kompetenzverteilung zwischen Bund und Ländern. Damit standen rund 600 Nachwuchswissenschaftler plötzlich vor einer ungewissen beruflichen Zukunft. Derzeit bemühen sich die Politiker mit neuen Gesetzen um Rechtssicherheit.

Auch das Konzept der Elite-Universitäten geriet in die politischen Mühlen. So beschloss die Bund-Länder-Kommission Mitte November, einen endgültigen Beschluss aufzuschieben. Gestritten wird in erster Linie um Geld. Die Finanzminister der Länder haben signalisiert, keine zusätzlichen Mittel für Bulmahns Projekt freizugeben. Die Ministerin selbst will 1,9 Milliarden Euro zuschießen, ist dabei jedoch von den finanzpolitischen Richtlinien der Bundesregierung abhängig. Dort wird vor allem mit frei werdenden Mitteln aus der Abschaffung der Eigenheimzulage kalkuliert, die in den Forschungsbereich fließen sollen. Allerdings hat die Opposition den Plan Ende November im Bundesrat abgelehnt, so dass nun der Vermittlungsausschuss tätig werden muss.

Angesichts der drohenden finanziellen Probleme bezeichnet CDU-Abgeordnete Reiche den Etat des Forschungsministeriums als "geschöntes Zahlenwerk voll fingierter Ansätze" - obwohl die CDU mit ihrem Boykott der Regierungspläne in Sachen Eigenheimzulage nicht ganz unschuldig ist. Das im Rahmen einer EU-weiten Selbstverpflichtung definierte Ziel, ab 2010 drei Prozent des Bruttoinlandsprodukts in Forschung und Entwicklung zu investieren, rücke damit in weite Ferne. Derzeit liegt der Anteil bei rund 2,5 Prozent.