Allerdings haben die Virenautoren Mittel und Wege gefunden, Antivirenwerkzeuge zu behindern oder sogar ganz zu entfernen - so geschehen beim Windows-Wurm „Klez.h“. Nur mit großem Aufwand seien dieser und andere Viren zu eliminieren. Erschwerend kommt hinzu, dass Windows-PCs mit NTFS-Dateisystem zwecks Virenbereinigung unter Umständen über eine entsprechende Boot-Diskette hochgefahren werden müssen, ein solcher Datenträger aber oftmals nicht zur Verfügung steht.

Die Strategie mancher Unternehmen, auf lokale Client-Software zu verzichten und stattdessen Programme über Windows-Terminals bereitzustellen, erleichtert den Virenschutz kaum, meint der McAfee-Experte. „Damit verlagert man lediglich das Problem von den Desktops auf die Server.“ Unter Umständen führt dieses Konzept sogar zu größeren Problemen, da es Würmern so gelingen könnte, alle auf dem Terminal-Server laufenden Client-Sessions anzugreifen.

Eine wichtige Schutzmaßnahme ist das Erkennen von Schwachstellen in Systemen, denn die meisten Viren und Würmer nutzen bekannte Lücken in Betriebssystemen und Applikationen aus. Nach Meinung von Klaus Hornung, Enterprise Technical Account Manager beim McAfee-Konkurrenten Symantec, dürfen auch Mainframes nicht mehr uneingeschränkt als sichere Bastion angesehen werden. Da die Rechnerboliden zunehmend mit TCP/IP-Funktionen ausgestattet sind und als Ablaufumgebung für Linux fungieren, müssten Anwender dies in ihren Sicherheitskonzepten berücksichtigen.