.NET ist die mittlerweile die erste Wahl, wenn Entwickler Desktopanwendungen für Microsoft Windows programmieren wollen. Fast zeitgleich mit dem Erscheinen der zweiten Version des Frameworks bringt Microsoft auch die kompakte Variante heraus, die über zahlreiche neue Features und eine generell höhere Ausführungsgeschwindigkeit verfügt und in Verbindung mit Visual Studio 2005 ?Whidbey? den Komfort bei der Entwicklung deutlich erhöhen soll. Entgegen landläufiger Meinung wurde das .NET CF 2.0 nie ab Werk in Windows Mobile 5.0 integriert, sodass sich der 25MB große Download insbesondere für Nutzer lohnt, die viel Wert auf externe Applikationen legen. Die Runtime ist auf allen Smartphones und PocketPCs mit Windows Mobile der Versionen 2003 / 2003SE und 5.0 lauffähig.

Die neue Runtime erlaubt es auch Applikationen auszuführen, die für ältere Versionen des Frameworks geschrieben und kompiliert wurden. Zum Aufspielen von neuen Applikationen und dem Framework selbst nutzt Microsoft das bei allen Smartphones und PocketPCs mitgelieferte ActiveSync 4.0 bzw. 4.1.