Die Datenbank betreibt das Bayerische Staatsministerium für Ernährung, Landwirtschaft und Forsten, doch für die Kennzeichnung und Registrierung von Rindern sind die Regionalstellen, wie der Landeskontrollverband Westfalen-Lippe, Münster, zuständig.
Die Kennzeichnung eines Kalbs soll mittels Doppelohrmarken in beiden Ohren innerhalb von sieben Tagen nach der Geburt erfolgen. Außerdem erhalten die Tiere einen Rinderpass, der das Geschlecht, die Rasse und Abstammung sowie die Ohrmarkennummern enthält. Die Papiere wechseln mit dem Rind zum jeweils neuen Besitzer, bis sie nach dem Ableben des Tiers bei der regionalen Kontrollstelle landen.
Darüber hinaus müssen nach der Viehverkehrsverordung alle Rinderhalter, auch vorübergehende, den Erhalt und die Abgabe eines Tieres innerhalb von sieben Tagen an die Datenbank melden. Ausgenommen sind lediglich Transporteure. Dadurch ergibt sich eine Meldekette: Der Bauer meldet etwa die Geburt und den Verkauf eines Kalbs, der Viehhändler den Ankauf vom Bauern und den Verkauf an den Schlachtbetrieb, der Metzger den Ankauf vom Händler und das Ableben.
Doch häufig bricht diese Kette schon beim Erzeuger. Ein Stall ist kein steriles Büro und Tiere kein lebloses Frachtgut. Ohrmarken gehen verloren oder reißen ab. Die Buchhaltung ist eine unvollständige Zettelwirtschaft. Oft wird das Rind mit vertauschten und unvollständigen Papieren verkauft. Befürworter der zentralen Registrierung führen die Zahlung von EU-Prämien ins Feld, die dazu führe, dass sich die Meldedisziplin bei den Bauern von selbst einstelle. Andernfalls schadeten sie sich wirtschaftlich. Doch kann beispielsweise eine Fristüberschreitung zwar veterinärrechtliche Sanktionen zur Folge haben, aber keine Auswirkungen auf die Prämiengewährung.
Robert Bungartz, Geschäftführer des Deutschen Vieh- und Fleischhandelsverbands, Bonn, moniert zudem ein datenschutzrechtliches Problem in der Meldekette. Ein Tierhalter kann die Datenbank nach dem unmittelbaren Vor- und Nachbesitzer befragen. Weitere Glieder in der Kette sollte er nicht sehen können. Eine unbeabsichtigte Transparenz ergibt sich nach Darstellung des Interessensvertreters Bungartz, wenn ein Tier häufig den Besitzer wechselt, manchmal mehrmals am Tag. Einige Meldungen gehen tatsächlich erst am siebten Tag der Registrierungsfrist ein, andere unmittelbar nach dem Kauf. Die neuesten gemeldeten Transaktionen, über die die Datenbank informiert, liegen dann in der tatsächlichen Handelskette unter Umständen schon weiter zurück.