Sowohl die Opposition als auch der Bundesdatenschutzbeauftragte Peter Schaar lehnen die von Schäuble gewünschten ausgedehnten Kompetenzen des Bundeskriminalamts (BKA) entschieden ab. Nach den jüngst des Bundesinnenministers soll das BKA künftig unter bestimmten Umständen mittels manipulierter, angeblich von Behörden stammender E-Mails Schnüffelsoftware ("Bundestrojaner") auf Rechner Verdächtiger schleusen dürfen. Durchgesickert waren die Pläne Schäubles über zwei Antwortschreiben des Bundesinnenministeriums zu Fragen des Bundesjustizministeriums sowie der SPD-Bundestagsfraktion zum Thema Online-Durchsuchungen, die der Blog Netzpolitik.org veröffentlicht hatte.

"Ich bin zum jetzigen Zeitpunkt nicht überzeugt, dass wir die Befugnisse brauchen", sagte Schaar gegenüber der Presse. Zum einen würde mit dem Verfahren die Unverletzlichkeit der Wohnung angegriffen. Zum anderen sei die Verwertbarkeit derartiger Daten in einem Strafverfahren ohnehin nicht vorstellbar. Wer einen elektronischen Brief etwa vom Jugendamt oder Finanzamt erhalte, müsse sich darauf verlassen können, dass das Schreiben auch tatsächlich von diesen Ämtern stamme – und nicht vom BKA.

Auch Grünen-Politiker Wolfgang Wieland hält es für bedenklich, auf diese Weise das Vertrauen der Bürger in die Behörden aufs Spiel zu setzen. Seiner Ansicht nach ist es zudem naiv zu glauben, an konspiratives Arbeiten gewöhnte Terroristen auf solche Weise austricksen zu können. "Bundestrojaner als E-Mail-Anhang sind in etwa so unauffällig wie Personenbeschattung in Schlapphut, Sonnenbrille und grauem Trenchcoat", sagte der Grünen-Politiker. FDP-Politiker Max Stadler wiederum forderte, das Parlament müsse diesen "Unsinn" stoppen. Laut Dieter Wiefelspütz (SPD) gilt es vor einer Genehmigung von Online-Durchsuchungen noch offene technisch und rechtlich schwierige Fragen zu klären.