Über das WOW64-Subsystem lassen sich die für x86-CPUs konzipierten 32-Bit-Anwendungen auch unter der x64-Version von Windows Server 2003 nutzen.

Auf der Anwendungsseite sieht das Bild völlig anders aus: Microsoft hat ganze Arbeit geleistet und Windows Server 2003 x64 das WOW64-Subsystem spendiert (WOW = Windows on Windows). Dank seiner Hilfe laufen 32-Bit-Anwendungen, sofern keine Treiber mit im Spiel sind, problemlos unter dem neuen 64-Bit-Windows. Performance-Einbrüche gibt es dabei nicht: Durch die enge Verwandschaft des AMD-64/EM64T-Konzepts mit der x86-Prozessorarchitektur arbeiten 32-Bit-Anwendungen ungefähr ebenso schnell wie auf einem normalen Windows Server 2003. Office 2003 und Acrobat Reader 7.0 funktionierten auf dem x64-Testsystem einwandfrei und mit gewohnter 32-Bit-Performance.

Nur der Task-Manager liefert Aufschluss darüber, bei welchen Prozessen es sich um 32-Bit-Software handelt. WOW64 arbeitet transparent im Hintergrund. Dadurch werden 32-Bit-Anwendungen im Ordner Program Files (x86) installiert, während nur echte 64-Bit-Applikationen im Ordner Program Files landen. Ähnlich verhält es sich mit Systemdateien: 32-Bit-Anwendungen erhalten beim Zugriff auf WindowsSystem32 von WOW64 automatisch den Inhalt des Ordners WindowsSysWOW64 präsentiert. Zusammen mit einer internen Registry-Aufsplittung können 32-Bit- und x64-Anwendungen daher parallel auf ein und demselben Rechner laufen, ohne sich gegenseitig in die Quere zu kommen. Diesem Prinzip folgend, sind einige der zum Betriebssystem gehörenden Anwendungen gleich doppelt vorhanden. Prominentester Kandidat ist der Internet Explorer: Über das Startmenü von Windows Server 2003 x64 lässt sich der Browser wahlweise als 32-Bit-Variante aus dem Ordner Program Files (x86) oder als

64-Bit-Version von Program Files aus starten. Da der 64-Bit-fähige Internet Explorer keine 32-Bit-Active-X-Controls laden kann, besteht somit eine direkte Ausweichmöglichkeit auf die 32-Bit-Version des Web-Browsers.