Wichtigster Faktor bei der Planung für ein erfolgreiches Virtualisieren ist die optimale Kombination, sprich das Zusammenspiel der einzelnen Komponenten. Sobald die bestellte Hardware und Software vorliegt, müssen alle Schritte von der Partitionierung bis hin zur Aufteilung der einzelnen Komponenten zwischen Verwaltungskonsole und virtuellen Maschinen vollzogen sein, um möglichst vielen Entscheidungen "aus dem Bauch" vorzubeugen.

Häufigste Fehlentscheidungen betreffen insbesondere die Partitionierung des Wirtssystems beziehungsweise der LUNs (Logical Unit Numbers; vom SCSI-Protokoll benutztes Zuordnungssystem für die Ansteuerung von Geräten) bei SAN-Einsatz. Wird hier zu wenig freier Plattenplatz eingeplant, kann unter Umständen ein Sicherungslauf nicht online geschehen, oder besondere Funktionen der Virtualisierung wie "Undoable" (Verwerfen aller Festplattenänderungen ab einem gewissen Zeitpunkt) lassen sich nicht nutzen.

Durch eine so geschaffene Backup/Restore-Problematik wird Disaster Recovery, also einer komplette Wiederherstellung eines defekten Systems, gegebenenfalls erschwert. Sämtliche Disaster-Recovery-Vorteile der virtuellen Infrastruktur, welche im Vergleich zur Physik stark erweitert sind, lassen sich nicht nutzen.

Beim Betrieb der virtuellen Maschinen werden trotz guter Planung immer unvorhersehbare Veränderungen auftreten, sei es eine neue Applikation oder die Aktualisierung von Software, die zu einer steigenden Leistungsanforderung an das Gesamtsystems führen. In solchen Fällen muss der Systemverwalter Leistungsengpässe eingrenzen, analysieren und beheben können. Hier ist die Suche im Gegensatz zu den meisten physikalischen Systemen nicht nur auf den einzelnen Server und dessen Betriebssystem beschränkt, sondern auf die komplette Bandbreite (Core Four) auszuweiten.