In den letzten drei Jahren ist darüber hinaus ein starker Trend zu einer zunehmenden Konfigurierbarkeit der Systeme zu beobachten. Zwar ist hier noch nicht das Niveau von ERP-Systemen mit mehrjährigen Implementierungsprojekten erreicht, Out-of-the-Box funktionieren Enterprise-Projekt-Management-Systeme jedoch ebenso wenig. Nicht selten ist immerhin mit einem Aufwand von einem bis sechs Monaten zu rechnen. Während bei den wenig komplexen Einzelprojekt-Management-Systemen nach der oft nur Minuten dauernden Installation ein sofortiges Arbeiten möglich ist, müssen bei den EPM-Systemen viele Einstellungen vorgenommen werden, um die unternehmensspezifischen Prozesse unterstützen zu können. Hierzu gehören typischerweise:
die Entwicklung von spezifischen Formularen und Berichten,
die Anlage von ergänzenden Feldern und Datenstrukturen,
die Definition von Workflows,
die Erzeugung beziehungsweise der Import von Stammdaten wie Organisations- und Ressourcenstrukturen.
Derzeit ist auf dem Markt insbesondere ein Trend im Hinblick auf eine konfigurierbare Prozessunterstützung (Workflow-Management) zu entdecken. Auch wenn die Systeme nicht mit Stand-alone-Workflow-Management-Systemen (WFMS) vergleichbar sind, so werden in diesem Bereich doch große Fortschritte erzielt. Die Produkte der führenden Anbieter erlauben bereits die grafische Modellierung von Projekt-Management-Prozessen und die automatische Überführung in systemgesteuerte Workflows. So lassen sich beispielsweise Projektinitiierungs- oder Änderungs-Management-Prozesse durch die Software teilautomatisch abwickeln.
Die Schwäche aller Systeme: Wissens-Management