NT 4.0 Embedded soll als Runtime-Betriebssystem in erster Linie an Original Equipment Manufacturer (OEMs) gehen, die es an eigene Anforderungen anpassen können. Das Mini-Betriebssystem wird dann in vier Varianten angeboten: Zwei Workstation-Versionen sowie zwei Server-Ausführungen, von denen jeweils die günstigeren Pakete ohne grafische Benutzer-Schnittstelle geliefert werden.
Um einen Kannibalisierungseffekt gegenüber anderen NT-Versionen zu vermeiden, ist es OEMs nicht möglich, NT Embedded 4.0 für die Datei- und Druckverteilung zu verwenden. Ebenso ist ein Zusammenspiel mit einigen Handhelds ausgeschlossen, weil dies die Domäne von Windows CE gefährden würde.