Zu beachten ist dabei, dass sich beide Partner auf ein Format und eine einheitliche Syntax einigen müssen, dass also beispielsweise "B-Datum" Beleg- und nicht Buchungsdatum bedeutet. Speziell in Bezug auf Rechnungen gibt Unternehmensberater Zöller jedoch zu bedenken, dass der Vorsteuerabzug in Deutschland nur möglich ist, wenn die Rechnung auf Papier vorhanden ist: "Der elektronische Rechnungszugang ist derzeit in Deutschland nicht vorsteuerabzugsfähig." Das wäre er nur, wenn die Rechnung gemäß Paragraf 14 Umsatzsteuergesetz eine qualifizierte Signatur trüge.

Zöller bezweifelt, dass dieses Verfahren schon viele Firmen anwenden. Unternehmen mit vielen Tausenden von Debitoren müssten mit jedem Einzelnen eine Vereinbarung über ein elektronisches Signaturverfahren treffen. "Für das Massengeschäft im B-to-B-Bereich und erst recht für das mit Endkunden brauche ich die Rechnung in Papierform", konstatiert der Unternehmensberater.

Doch einige Firmen wie die Dynevo GmbH, Mediendienstleister im Verbund der Bayer Business Services, nutzen das E-Billing schon. Wolfgang Joa, Produkt-Manager bei Dynevo, zählte die Vorteile seiner OMS-Lösung auf. "Der Versender spart Papier-, Druck-, Kuvertier- und Portokosten, verbessert seinen Cashflow durch verkürzten Zahlungsausgleich und stärkt die Kundenbindung." Der Empfänger verbessere seinen Workflow, da das manuelle Erfassen und Scannen der Rechnung entfalle und die Rechnungseingangsbuchung zumindest teilweise automatisiert werde. Zudem könne er durch die verkürzten Durchlaufzeiten Skontoabzüge geltend machen.