Apple hebt bei dem Upgrade vor allem drei Punkte hervor. So soll mit dem Update die Anzeige des Batteriestatus beim iPhone 3GS genauer werden. Außerdem behebt es ein Problem, wegen dem Programme von Drittanbietern nicht starten, und einen Fehler, der zum Abstürzen von Anwendungen durch das Benutzen der japanischen Kana-Tastatur führt. Das Fan-Blog "iphone-ticker.de" berichtet darüber hinaus, dass mit der neuen Firmware die Modem-Funktion bei Import-Geräten freigeschaltet wird. Sie wird auch Tethering genannt und erlaubt, über das iPhone mit dem PC oder Laptop im Netz des Mobilfunkanbieters zu surfen. Das ist bisher nur Besitzern möglich, die sich ein Apple-Handy bei T-Mobile kauften. Der Netzbetreiber verlangt für die Modemfunktion allerdings eine zusätzliche monatliche Gebühr.

Des weiteren hat Apple im iPhone OS 3.1.3 einige als gefährlich eingestufte Sicherheitslücken geschlossen. Sie betreffen die Komponenten CoreAudio, ImageIO, Recovery Mode und Webkit. Die Schwachstellen können von Angreifern ausgenutzt werden, um Schadcode auf dem Handy auszuführen und so sensible Daten des Nutzers auszuspionieren.