Der Erfolg des Web und offener Datenformate wie HTML blieb nicht ohne Folgen für Microsoft. In der Version 2000 führten die Redmonder als Alternative zu den Binärdateien ein Format namens "Webseite" ein, das Dokumente in einer Mischung aus HTML und XML-Inseln speicherte. Sie ließen sich mit dem Internet Explorer weitgehend so darstellen wie in der Ursprungsapplikation und mit Hilfe von Active X Controls auch teilweise im Web-Client bearbeiten. Die Kombination aus diversen Web-Standards und proprietären Elementen war selbst jedoch kein offener Standard und wurde von kaum einem Dritthersteller unterstützt.
Erst Office 2003 läutete die XML-Ära ein, nachdem OpenOffice 1.0 bereits ein Jahr zuvor standardmäßig seine Daten in einem Format auf Basis der Extensible Markup Language gespeichert hatte. Microsoft bot zudem in den Professional- und Enterprise-Versionen die Möglichkeit, Informationen auf Basis anwenderdefinierter XML-Schemata abzulegen. Als Alternative zu den binären Formaten entwickelten die Redmonder Ingenieure eigene XML-Strukturen, die sämtliche Layout-Informationen der Office-Programme aufbewahren konnten. Die später in WordprocessingML (Textverarbeitungsdokumente), SpreadsheetML (Tabellenkalkulationsdokumente) und PresentationML (Präsentationsdokumente) umbenannten Formate gerieten allerdings in die Kritik, weil sie sich für Formatierungsangaben, mathematische Formeln, Vektorgrafiken oder Metadaten an keine bestehenden Standards hielten, sondern proprietäre Sonderwege gingen.
In Office 2007 wertet Microsoft die XML-Formate nun weiter auf, indem sie die altgedienten Binärdateien als voreingestellte Speicheroption ersetzen. Nach dem Vorbild von OpenOffice teilten die Redmonder Entwickler die Informationen nun in mehrere XML-Dateien auf und fassten diese in einem ZIP-Archiv zusammen. Durch die Komprimierung der XML-Dokumente fallen diese in der Regel kleiner aus als die bisherigen Binärformate.
Zu den wesentlichen Vorteilen der neuen Dateiformate gehört zunächst, dass sie Beschränkungen der alten Binärstrukturen aufheben, über die Anwender seit Jahren klagten. Eine Verbesserung ist etwa die größere Robustheit von Klartextformaten, aus denen selbst in einem fehlerhaften Zustand die Benutzerdaten zumeist noch extrahiert werden können. Beschädigte Word- oder Excel-Dateien alter Prägung nahmen ihre Inhalte hingegen oft mit ins Grab, wenn die internen Verwaltungsdaten durcheinandergerieten.
Die Verwendung einer gängigen Syntax wie jener von XML eröffnet der Office-Welt ein riesiges Angebot an Standardwerkzeugen. Das betrifft etwa Tools zur Gültigkeitsprüfung von Dokumenten (validierende Parser) genauso wie solche zur Umwandlung in andere Formate (etwa XSLT-Prozessoren) oder für die Signierung und Verschlüsselung der Dateien.
Sobald eine Software mit der Struktur von Office-XML-Dateien umgehen kann, ist sie in der Lage, sie ebenso zu lesen und zu verändern wie Word, Excel oder Powerpoint. Microsoft bewirbt die XML-Fähigkeiten seiner Desktop-Schwergewichte mit beispielhaften Nutzungsszenarien, in denen etwa ein Word-Dokument im Rahmen eines Workflows automatisch Informationen aus einer Datenbank übernimmt und in ein eingebettetes Formular einfügt. Das Redmonder Marketing spricht in diesem Zusammenhang von "Smart Documents".
Grundsätzlich waren derartige Anwendungen auch schon in Zeiten älterer Office-Versionen und mit Binärdateien möglich. Allerdings beschränkten sich die dynamischen Veränderungen von Texten oder Tabellen auf die jeweiligen Applikationen, die mit Hilfe von Makros und ODBC-Treibern die geladenen Daten veränderten. Der Anspruch von Office 2007 geht in dieser Hinsicht wesentlich weiter: Dokumente sollen sich nicht nur von den Word, Excel & Co. verarbeiten lassen, sondern von beliebigen Drittanwendungen. Dazu zählen vor allem Server-Applikationen, die Dokumente oder Kalkulationstabellen programmatisch erzeugen und verändern können. Microsoft positioniert Office deshalb als Rich-Client-Alternative zum Browser, weil ein Web-Server statt dynamisch erzeugter HTML-Seiten etwa auch per Skript generierte Word-Dateien an den Client schicken könnte. Der Hersteller bietet im Rahmen der "Visual Studio Tools for Office" entsprechende Bibliotheken an.
Office-Dateien bieten sich daher nach der Vorstellung von Microsoft als universelles Format an, in dem Informationen durch Workflows und Prozesse geschleust werden. Eine wesentliche Rolle spielt dabei auch der Biztalk-Server, der eingehende XML-Daten abhängig von definierbaren Bedingungen an externe Anwendungen übergeben kann und dabei den gesamten Verarbeitungsvorgang orchestriert. Allerdings spielen bei solchen Business-Daten traditionelle Office-Dokumente mit ihren zahlreichen Formatierungsanweisungen eine untergeordnete Rolle, dort dominieren entweder firmenspezifische XML-Schemata oder E-Business-Standards.
Microsoft konnte eine Reihe von Anwendern, besonders im öffentlichen Sektor, nicht von den angepriesenen Vorteilen der schönen neuen XML-Welt überzeugen. Das lag weniger daran, dass der XML-Ansatz die gemachten Versprechen technisch nicht einlösen könnte. Vielmehr stießen sich Kritiker an Microsofts Nutzung der Technologie, besonders an mangelnder Offenheit und fehlender Konformität mit etablierten Standards. Wenn der Zugang zu den anwendereigenen Daten schon nicht mehr durch technische Barrieren der Binärformate verstellt wird, dann sollten sich die XML-Dokumente nicht als rechtliche Fallen erweisen. Beispielsweise sah die ursprüngliche Lizenz für die Dateiformate vor, dass sie nicht mit Software bearbeitet werden dürfen, die der GNU Public Licence unterliegt. Das trifft etwa auf den Konkurrenten Openoffice zu. Der US-Bundesstaat Massachusetts setzte Microsoft mit der Entscheidung unter Druck, das Open Document Format (ODF) als verbindlichen Standard für alle Office-Dokumente einzuführen. Dieses ging aus "OpenOffice XML" hervor und wurde beim Konsortium Oasis von einer Reihe von IT-Firmen entwickelt. Mittlerweile gehören der ODF Alliance Dutzende Unternehmen an, das Dateiformat selbst wurde im Mai 2006 als ISO-Standard verabschiedet.
Microsoft konterte damit, dass es die neuen XML-Formate unter der Bezeichnung "Office Open XML" (OOXML) bei der ECMA International zur Standardisierung einreichte, wo sie als ECMA-376 im Dezember 2006 verabschiedet wurden. In weiterer Folge sollten die Redmonder Dateiformate über die ISO als internationale Technologiestandards etabliert werden. Microsoft machte sich für ein Schnellverfahren durch die Standardisierungsorganisation stark, so dass OOXML innerhalb von fünf Monaten am Ziel sein könnte. Allerdings sprachen sich die Vertreter einiger Länder gegen die rasche Verabschiedung der Office-Formate aus. Microsoft witterte dahinter in einem offenen Brief eine Verschwörung der IBM. Anfang April schafften es die Redmonder, gegen den Widerstand von 20 Ländern das Schnellverfahren von der ISO genehmigt zu bekommen.
Die Kritik an der Etablierung von OOXML als Standard entzündet sich an einer Reihe von Punkten. So begründete Microsoft die Entscheidung für ein eigenes XML-Format damit, dass dieses alle Eigenschaften der alten Binärdateien abbilden müsste. ODF dagegen sei darauf ausgelegt, möglichst portabel zwischen verschiedenen Anwendungen zu sein und daher nicht in der Lage, alle Funktionen von MS Office darzustellen. Die Gegner von OOXML argumentieren nun damit, dass es nicht Aufgabe eines Standards für Office-Dokumente sein könne, exakt die Eigenheiten einer bestimmten Software zu berücksichtigen. Seine Aufgabe bestehe darin, damit Dokumente zwischen Textverarbeitungen, Tabellenkalkulationen oder Präsentationsgrafiken verschiedener Hersteller auszutauschen.
