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Ein weiteres Novum stellte der Einsatz von dauerhaftem Flash-ROM als Arbeitsspeicher dar. Vorbei ist damit der für PDAs typische totale Datenverlust bei entleertem Akku. Überarbeitet wurde auch die Synchronisationssoftware Activesync. Version 4.0 verfügt nun über eine optimierte USB-Unterstützung, eine Statusanzeige bei der Exchange-Synchronisation und integriert jetzt auch den Abgleich von Multimedia-Dateien aus dem Windows Media Player 10.
Ganz glatt dürfte die Umstellung auf Windows Mobile 5.0 übrigens nicht für jeden verlaufen. So müssen sich die Nutzer von bestehender Pocket-PC-Zusatzsoftware auf einige Inkompatibilitäten mit Altanwendungen einstellen. Zu den blockierten oder nur eingeschränkt funktionsfähigen Anwendungen zählen so populäre Tools wie die Outlook-Alternative "Pocket Informant". Die Installation des verbreiteten Task-Manager- und Desktop-Werkzeugs "SPB Pocket Plus 3.0" quittierte unser Testgerät mit einem totalen Systemabsturz. Die meisten namhaften Hersteller haben bereits aktualisierte Softwareversionen für Windows Mobile 5.0 angekündigt.