Abhängig vom Lieferanten gibt es Rechnungen, bei denen die Signatur als separate Datei geschickt wird, sowie solche, bei denen die Signatur in das eigentliche Rechnungsdokument integriert ist. Der Vorteil der zweiten Möglichkeit: Der Anwender hat alle erforderlichen Bestandteile der elektronischen Rechnung in einem einzigen Dokument, was den Arbeitsaufwand verringert. Zu den Nachteilen zählt, dass dieses Verfahren nur für PDF-Dokumente existiert. Der Empfänger muss daher mit einem PDF-Reader arbeiten, der diese Dokumente nicht nur anzeigt, sondern auch die Verifikation ermöglicht (zum Beispiel Acrobat Reader ab Version 7). Ein weiteres Manko besteht darin, dass sich die Rechnung nicht direkt weiterverarbeiten lässt, da PDF zu den "bildgleichen Formaten" zählt und kein strukturiertes Datenformat, das ERP- oder Fibu-Systeme verwenden können.
Das Unternehmen sollte sich mit einem Dienstleister in Verbindung setzen, der sämtliche notwendigen Verarbeitungsschritte (Verifikation, Archivierung, Datenkonvertierung etc.) für den Rechnungsempfänger realisieren kann. Allerdings muss der Rechnungsempfänger seine Zustimmung zu elektronischen Rechnungen erteilen. Wenn er diese nicht verarbeiten möchte, kann er auf die Zustellung einer Rechnung per Post bestehen.
