Seit ein paar Jahren sind Botnetze das wichtigste Werkzeug für Online-Kriminelle. Sie bringen durch spezielle Schädlinge, die Bots, fremde Rechner unter ihre Kontrolle. Sie installieren darauf oft weitere Programme, etwa zum Versenden von Spam-Mails oder um koordinierte Angriffe auf Web-Server zu starten. Deutschland ist in Europa weit vorn, was die Durchseuchung mit Botnetzen betrifft.

Botnetze werden oft über zentrale Kommando-Server, auch als Mutterschiffe bezeichnet, gesteuert. Die infizierten Rechner, Zombies genannt, halten Kontakt mit einem der Mutterschiffe oder untereinander. Sie geben ausgespähte Daten wie etwa Passwörter für Online-Spiel und Banken-Websites, aber auch gesammelte Mail-Adressen oder Kreditkartendaten weiter. Sie erhalten vom Mutterschiff, teils über zwischen geschaltete Relay-Rechner (Repeater), Instruktionen, etwa Adressen und Inhalte von zu versendenden Spam-Mails.

Eine Reihe von Botnetzen verzichtet auf zentrale Kommando-Server und setzt auf eine P2P-Struktur. Die Zombies sind untereinander vernetzt und die Steuerungsbefehle werden von Betreibern des Netzes, Bot-Herder oder Bot-Master genannt, in das dezentralisierte Botnetz eingespeist. Auf ähnliche Weise gelangen gesammelte Daten zu einer Drop-Box, einem Server, der die Daten akkumuliert und aufbereitet. Komplexere Botnetze weisen mehrere Kommando-Ebenen auf, über die verschiedene Aufgabenbereiche verteilt sind. Neuerdings werden Botnetze auch über soziale Netzwerke wie Twitter gesteuert .