Zum Management hat Microsoft eine rein Web-basierende Oberfläche vorgesehen, was eine bequeme Fernwartung auch via Internet ermöglicht. Die Konsole liefert beispielsweise einen "Master Status", sprich eine Übersicht über den Zustand der Virtual-Server-Umgebung sowie der Gäste. Über eine Navigationsleiste im linken Bereich der Web-Oberfläche nimmt der Administrator das Management der virtuellen Gast-Maschinen, der von diesen benutzten virtuellen Festplatten sowie der Netzwerke und des Hosts selbst vor.
Wer bereits mit Virtual PC gearbeitet hat, findet sich in den Menüs des Virtual Server schnell zurecht. Umsteigern gestattet die Microsoft-Lösung zudem, die mit Virtual PC erstellten Gast-PCs unter Virtual Server 2005 weiterzuverwenden.
Bei der Verwaltung der Gäste weicht die Server-Software jedoch vom Konzept der Desktop-Virtualisierung ab. Während Virtual PC für jeden Gast ein eigenes Fenster eröffnet, führt Virtual Server 2005 jeden virtuellen Gast im Hintergrund aus. Um dessen Bildschirm in normaler Größe zu sehen und dort Eingaben über Tastatur und Maus vornehmen zu können, ist eine Fernbedienung erforderlich. Hierfür hat Microsoft das Verfahren "VMRC" (Virtual Machine Remote Control) kreiert. Nachdem der aus Sicherheitsgründen standardmäßig deaktivierte Server-Part von VRMC über die Verwaltungs-Web-Seite aktiviert worden ist, lassen sich Gäste damit fernbedienen wahlweise aus einem Web-Browser-Fenster heraus oder über die mitgelieferte VMRC-Client-Software für Windows. Praktischerweise kann ein Administrator über eine Tastenkombination schnell zum nächsten beziehungsweise vorigen Gast springen. Operationen wie das Herunterfahren, Neustarten sowie das Umschalten in den Pause-Modus gestattet der VRMC hingegen nicht. Hierzu muss der Administrator zur Web-basierenden Verwaltungsoberfläche greifen. Eine Alternative dazu hält das Freeware-Tool "VSPlus" bereit.