Dem Parlamentsvotum vorausgegangen war eine "Lobbyfehde ohne Beispiel", wie es der CSU-Europaabgeordnete Joachim Wuermeling ausdrückte. Entsprechend euphorisch fiel die Reaktion der Kritiker aus, darunter der Förderverein für eine Freie Informationelle Infrastruktur e.V. (FFII). Präsident Hartmut Pilch sprach von einem "großen Sieg" für jene, die sich dafür eingesetzt hätten, dass Innovation und Wettbewerbsfähigkeit in Europa "vor der Monopolisierung von Softwarefunktionalitäten und Geschäftsmethoden" geschützt blieben.
Ins gleiche Horn blies Georg Greve, Präsident der Free Software Foundation Europe (FSFE): "Das war eine starke Entscheidung gegen die Patentierung von Software." Die Abgeordneten hätten damit auch dem Entstehungsprozess der Richtlinie das Misstrauen ausgesprochen. "Der EU-Ministerrat hat die Richtlinienänderungen des Parlaments aus der ersten Lesung völlig ignoriert." Aus seiner Sicht bedeutet das Votum zudem ein deutliches Signal an das Europäische Patentamt (EPA), keine Softwarepatente mehr zu erteilen. Mit ihrer Vergabepraxis "überdehne" die Behörde das Europäische Patentübereinkommen (EPÜ) aus dem Jahr 1973, das Patente auf reine Software ausdrücklich verbietet. Notwendig sei nun ein Aufsichtsinstrument, das über die Entscheidungen des EPA wache.
Unterstützung erhielt der FSFE-Vertreter von Reinhard Bütikofer, dem Vorsitzenden von Bündnis 90/Die Grünen. "Nationale Patentämter und das europäische Patentamt haben entgegen dem Europäischen Patentübereinkommen bereits Tausende Softwarepatente erteilt, darunter zahlreiche so genannte Trivialpatente." Zwar ließen sich diese nun zunächst nicht durchsetzen, die Gefahr sei aber keineswegs gebannt: "Diese Zeitbombe wurde nicht entschärft, sondern tickt weiter!"