Mit EJB 3.0 wird zudem das bisherige Persistenzmodell komplett ausgetauscht. Wurden bislang mit den in JSR 243 spezifizierten "Java Data Objects" (JDO) und dem EJB-Persistenzmodell zwei unterschiedliche Techniken parallel verwendet und weiterentwickelt, so hat Sun sie nun in einem neuen Persistenzmodell vereint, das sich stark am Open-Source-Projekt "Hibernate" orientiert. JDO wird damit künftig an Relevanz verlieren und der neue, im Rahmen der JSR 220 spezifizierte Persistenzmechanismus sowohl für Java SE als auch Java EE zum Einsatz kommen. In der Java-Gemeinde löste der Wechsel zum neuen Persistenzmodell anfangs heftige Diskussionen aus. So müssen sich viele Entwickler jetzt umstellen, und auch bestehende Architekturen sind anzupassen oder zu überdenken, wenn sie weiterentwickelt werden müssen. Inzwischen scheint die neue Ausrichtung aber allgemein akzeptiert zu sein, zumal ein gemeinsamer Standard langfristig Vorteile für alle Beteiligten bringt. Im Rahmen des JSR 243 wird künftig nur noch die Version 1.0.1 der JDO-Spezifikation weitergepflegt und die Abfragesprache JDQL an die neue Pojo-Persistenz angepasst.

XML für den Java-Client

Ein heißes Thema zeichnet sich mit der Integration von XML und Web-Services in die Java SE ab. Bereits mit Mustang ist geplant, den Client-Support für Web-Services künftig mit Hilfe des "Web Services Basic Profile" bereitzustellen. Viele der geplanten Features existieren bereits in J2EE und sollen nun zum Teil auch auf die Client-Plattform übergehen. Dies hat für Entwickler den großen Vorteil, dass sich mit Hilfe von Java-Anwendungen und Java Applets einfach auf Web-Services zugreifen lässt. Bisher hatten viele Entwickler für entfernte Methodenaufrufe auf den Server Protokolle wie Remote Methode Invocation (RMI) oder Corba-IIOP eingesetzt.