Diese unterscheidet sich - wie schon bei den Vorgängerversionen - von der Consumer-Variante durch Features für die zentrale Verwaltung durch einen Administrator im Unternehmen. Damit lässt sich dann beispielsweise auch die aus Sicherheitsgründen umstrittene neue Suche über mehrere PCs hinweg generell abschalten (sie ist auch in der Endkundenversion standardmäßig nicht aktiv).

Verschiedene Organisationen von EFF bis Gartner (siehe "Auch Gartner warnt vor Google Desktop 3") hatten nach Erscheinen von Google Desktop 3 die Software als unzumutbares Sicherheitsrisiko eingestuft, weil bei "Search across computers" die Suchdaten auf Servern von Google (verschlüsselt) zwischengelagert und unter Umständen erst nach 30 Tagen gelöscht werden. (tc)