Das Programm ist offen für unterschiedliche Betriebssysteme, diverse Datenbanken und Enterprise-Resource-Planning-(ERP-) Systeme. Neben E-Commerce-Funktionen wie Internet-Warenkorb und Auftragsverfolgung unterstützt Troja auch Geschäftsprozesse in den Bereichen Supply-Chain-Management (SCM) und Customer-Relationship-Management (CRM). In der Praxis bedeutet dies beispielsweise, dass zwischen mehreren Unternehmen festgelegte Informationen wie Produktionsfortschritt oder Lieferfähigkeit zugänglich gemacht werden. Darüber hinaus kann der Anwender bestimmte Daten wie zum Beispiel die Stücklisten seines Geschäftspartners einsehen und so überprüfen, ob ein benötigtes Teil verfügbar ist.
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