An diese Regelungen knüpfen sich praktische Fragen, die momentan noch nicht verbindlich geklärt sind:
Müssen originäre digitale Daten elektronisch aufbewahrt werden, auch wenn sie nicht maschinell auswertbar sind?
Haben Unternehmen die Pflicht, E-Mails elektronisch zu archivieren?
Sind Daten von mehreren Systemen aufzubewahren, auch wenn sie vollständig redundant sind?
Die gesetzlichen Regelungen fordern dies und stellen die Unternehmen damit vor erhebliche Schwierigkeiten. Als Kompromiss definieren einige Firmen Vorsysteme als nicht steuerrelevant. Das gilt dann auch für E-Mail-Systeme, die als reines Trägermedium fungieren, da technische Lösungen zur elektronischen Archivierung meist nur den kompletten Nachrichtenverkehr automatisiert archivieren, was zu datenschutzrechtlichen Problemen führt. Überlassen die Firmen hingegen ihren Mitarbeitern das Archivieren von steuerrelevanten E-Mails, müssen sie selbst abwägen, welche Informationen sie wie behandeln, was zu Entscheidungsproblemen führt.
E-Mails lassen sich nicht maschinell auswerten
Da elektronische Post sich in der Regel maschinell nicht auswerten lässt, entsteht bei der Prüfung kein Nachteil, wenn die Firma die E-Mail-Korrespondenz nur in Papierform nachweisen kann. Dies ist aber umstritten, und so wird wohl erst die zukünftige Prüfungspraxis zeigen, ob und inwieweit sich hier Erleichterungen ergeben.
Ein Dokumenten-Management-System (DMS) erstellt oder verarbeitet keine steuerrelevanten Daten, es verwaltet steuerrelevante Dokumente, die originär in Papier oder in elektronischer Form angefallen sind. Somit spielt ein DMS für den Datenzugriff durch die Finanzbehörde nur dann eine Rolle, wenn steuerrelevante Daten von einer führenden (steuerrelevanten) Anwendung darin überführt wurden. Werden Daten aus einem solchen Programm in eine DMS-Umgebung ausgelagert, so hat das empfangende System die gleichen Bedingungen zur Sicherheit, Unveränderbarkeit, Ordnungsmäßigkeit, Auffindbarkeit und Reproduzierbarkeit wie das Ursprungssystem zu erfüllen. Hier wird davon ausgegangen, dass ein anderes System (typischerweise mit Datenbank- und Report-Funktion) die exportierten Daten wieder importieren und durch entsprechende Auswertungsfunktionen verfügbar machen kann.