Doch mit dem Platzen der Dotcom-Blase war der Aufschwung erstmal vorbei. Die Highflyer der Linux-Industrie mussten ihre ehrgeizigen Wachstumsziele zusammenstreichen. Vorsichtig gewordene Geldanleger zogen ihr Kapital ab. In Deutschland machten die Linux-Dienstleister ID Pro und Innominate Bankrott. Statt an die Börse zu gehen, flüchtete sich der Distributor Suse kurz vor der Pleite unter die Fittiche von Novell.

Trotz dieser Rückschläge lief die Linux-Entwicklung weiter. Mit der Professionalisierung der Entwicklung wurden die Abstände zwischen den "öffentlichen" Linux-Releases (das sind jene, die auf eine gerade Zahl nach dem ersten Punkt enden; alle anderen sind Entwicklerversionen) größer. Die Kernel-Version 2.4 erschien erst im Januar 2001, zwei Jahre nach dem Vormodell 2.2. Fast genau so lange dauerte es bis zum Kernel 2.6, den Torvalds Ende 2003 freigab. Dabei ist es - in der öffentlichen Version - abgesehen von Sub-Releases bisher geblieben.

Dadurch ist Linux dem Interesse der Softwarehersteller, die ihre Anwendungen nicht ständig an neue Kernel anpassen können, entgegengekommen. Seit dem Jahr 2000 erschienen tausende Programme mit dem Etikett "Linux-fähig". Mit ihnen kam das Betriebssystem aus der Web-Nische heraus und machte sich in der gesamten IT breit. Besonders schnell wurde es wegen seiner Stabilität, Performance und Sicherheit zur Basis für unternehmenskritische Anwendungen.